La bio-informatique décryptée

L’ouvrage Bio-informatique avec Python et Biopython a été publié début janvier par Emmanuel Jaspard, enseignant-chercheur à la Faculté des sciences, et Gilles Hunault, maître de conférences en mathématiques appliquées et aujourd’hui retraité. Rencontre.

Qu’est ce que la bio-informatique ?

Emmanuel Jaspard.Emmanuel Jaspard : C’est principalement l’utilisation d’outils informatiques pour l’acquisition et l’analyse de données biologiques. Elle est en pleine expansion et est devenue une discipline centrale de la biologie moderne. Par ailleurs, Python est un langage de programmation de plus en plus utilisé en biologie. Conjointement avec sa bibliothèque de scripts dénommée Biopython (scripts spécifiques du traitement de données biologiques), c’est un outil utile, puissant et relativement simple d'utilisation.

Quelle est la genèse de ce livre ?

E.J : Gilles Hunault était enseignant-chercheur en mathématiques au sein du département d'informatique de l'Université d'Angers. Lui et moi avons longtemps collaboré sur des sujets relevant notamment de la relation structure-fonction des protéines, thématique qui est beaucoup développée dans ce livre. L’idée n’est pas de faire de la programmation stricto sensu mais de fournir des exemples d’utilisation de scripts Python couplés à la bibliothèque Biopython. Cette démarche est illustrée par exemple avec les objectifs du chapitre 6 : rappel de certaines propriétés physico-chimiques des acides aminés, notamment leur hydrophobicité, calcul du profil d’hydrophobicité d’une chaîne polypeptidique, programmation de ce calcul et de la représentation graphique du profil d’hydrophobicité en Python et Biopython. Les ressources de ce livre sont en partie issues de nos sites web respectifs et il a fallu environ un an et demi pour le rédiger.

Quelle est la caractéristique de cet ouvrage ?

E.J : Ce livre est destiné aux étudiant∙es de 2^e année de licence ou de master en biologie, et aussi aux chercheur∙es qui ont besoin de modèles de scripts pour gérer par exemple les séquences des acides nucléiques ou la structure des protéines. Le thème est original et n’a jamais été traité dans un livre. Nous avons mis l'accent sur de nombreux exercices corrigés en biologie et en informatique qui représentent environ 30 % de l'ouvrage. Enfin, tous les scripts sont accessibles en ligne et utilisables immédiatement.