Soutenance de thèse de Madame Lilija DUCKENA

Le 18 décembre 2026 de 10:00 à 13:00

December 18, 2026 à 10:00 am | Latvia University of Life Sciences and Technologies (LBTU) | LETTONIE

Sujet : Characterization of Altemaria spp. and Stemphylium spp. isolated from tomatoes (Solanum lycopersicum L) in the Baltic region

Directeur de thèse : Monsieur Philippe SIMONEAU

RÉSUMÉ

Des champignons apparentés, Alternaria spp. et Stemphylium spp., appartenant à la famille des Pleosporaceae, entraînent d’importantes pertes de rendement dans la production mondiale de tomates Solanum lycopersicum L. Aucune étude ne fait état de l’identification de ces champignons affectant les tomates en Lettonie, en Estonie et en Lituanie (la région baltique) fondée sur les séquences d’ADN. L’objectif de l’étude était de caractériser la diversité interspécifique et intraspécifique des champignons des genres Alternaria et Stemphylium isolés de tomates dans la région baltique. Des tomates présentant des symptômes de maladies causés par Alternaria spp. et Stemphylium spp. ont été collectées pendant trois ans (2022-2024). Au total, 17 sites d'échantillonnage ont été étudiés, comprenant des serres et des tunnels hauts situés en Lettonie (n = 7 ; municipalités de Kekava, Jelgava, Dobele et Bauska), en Estonie (n = 5 ; comtés de Jogeva et de Tartu) et en Lituanie (n = 5 ; district de Kaunas). Au total, 300 souches fongiques ont été identifiées au niveau du genre au moyen de la région ITS. Une phylogénie multilocus fondée sur les approches du maximum de vraisemblance (ML) et de l’inférence bayésienne (BI), combinée à des analyses d’haplotypes de trois loci (rpb2, ASA-10 et ASA-19), a été appliquée à la section Alternaria. Au total, cinq loci ont été utilisés pour identifier la section Porri, notamment la région ITS, rpb2, gapdh, tef1 et alt a1. Les souches de Stemphylium spp. ont été caractérisées au moyen d’analyses phylogénétiques, de coalescence et de recombinaison portant sur la région ITS et des loci gapdh et cmdA. La diversité phénotypique de la section Alternaria, de la section Porri et de Stemphylium spp. a été évaluée au moyen d’analyses morphologiques et de tests de pathogénicité sur tomate. La présence de maladies de la tomate associées à des champignons des genres Alternaria et Stemphylium a été déterminée en Lettonie, en Estonie et en Lituanie. Au total, trois sections subgénériques d’Alternaria formant de petites conidies (moins de 60 μm de longueur) reliés entre eux en chaînes ont été identifiées (Alternaria, Ulocladioides et Infectoriae). Ces champignons sont associés à la maladie des taches brunes de la tomate, avec une fréquence de 71 à 80 % dans la région baltique. Les complexes d’espèces A. alternata et A. arborescens, A. postmessia, ainsi que des hybrides putatifs interlignées de la section Alternaria, ont été identifiés. Cependant, les souches fongiques obtenues n’étaient pas pathogènes pour la tomate. Une forte diversité intraspécifique, avec un nombre variable de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et d’haplotypes selon les loci analysés (rpb2, ASA 10 et ASA-19) et les lignées phylogénétiques, a été observée au sein de la section Alternaria. Au total, cinq espèces d’Alternaria modérément à fortement agressives, dont deux nouveaux taxons (A. emajogiana sp. nov. isolé d’Estonie et A. gialosensis sp. nov. de Lettonie), présentant une longueur de conidies > 60 μm, ont été identifiées dans la section Porri, avec une fréquence de 20 à 60 % pour l’alternariose précoce. La maladie des taches brunes foliaires (causée par Stemphylium spp.) présentait une fréquence de 29 à 60 %. Ces champignons ont été isolés pour la première fois à partir de tomates en Estonie et en Lituanie. Au total, trois espèces fongiques faiblement à modérément agressives, dont un nouveau taxon, S. jogevanum sp. nov., originaire d’Estonie, ont été identifiées au sein du genre Stemphylium. Un nouvel hôte (la tomate) ainsi qu’un nouveau signalement géographique (la région baltique) ont été rapportés pour S. waikerieanum. 

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