Soutenance de thèse de Madame Andréa BOUANICH

Le 24 novembre 2025 de 14:30 à 17:30

Sujet : Étude Bioinformatique Intégrative de l’évolution des génomes et épigénomes de Rosacées

Directrice de thèse : Madame Claudine LANDES

RÉSUMÉ

L’ancêtre commun du pommier et du poirier a subi une duplication complète du génome (WGD) estimée à 27 millions d’années, suivi d’une explosion d’insertion d’éléments transposables (ET) il y a 21 millions d’années. Les gènes dupliqués issus d’une WGD sont appelés des ohnologues. La distribution des loci contrôlant l’expression quantitative de traits phénotypiques (QTL) n’est pas distribuée de manière homogène sur les chromosomes dupliqués. Ce déséquilibre n’est pas dû à une différence de taux d’évolution des séquences codantes des deux copies. Des analyses de d’expression de gènes ont cependant mis en évidence des profils d’expression différentiels entre ohnologues. Dans cette thèse, nous avons mis en évidence, parmi 149 expériences RNA-seq, 828 paires de gènes pour lesquelles un des deux gènes a été identifié comme systématiquement sur-exprimé par rapport à son ohnologue (gènes “non-switching”). Notre étude a montré que les gènes non switching sous-exprimés sont enrichis en ET de type LTR, et que le différentiel d’expression est en partie lié au nombre d’insertions de LTR dans l’environnement de ces gènes. Nous avons aussi mis en évidence des profils de méthylation distincts entre les gènes sur- et sous- exprimés. Nos investigations sur le génome du poirier ont permis d’identifier également des paires non-switching chez cette espèce. Tout comme chez le pommier, les non-switching sous-exprimés sont enrichis en ET LTR dans leur environnement. L’ensemble de nos résultats soulignent l’importance des ET dans l’évolution structurale des génomes, leur implication dans la régulation du niveau d’expression des gènes, et potentiellement leur rôle dans la spéciation.

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