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Soutenance de thèse de Monsieur Martin LEDUC

14h00 | Faculté des Sciences | Bâtiment L | Salle L205 | 2, boulevard Lavoisier | ANGERS

Sujet : Étude de l’évolution des gènes dupliqués chez les Rosaceae

Directeur de thèse : Madame Claudine LANDÈS

RÉSUMÉ

La duplication de gène est considérée comme un facteur important de l'évolution. Différents mécanismes de duplication sont connus : la duplication totale de génome, la duplication en segment, la duplication en tandem, la duplication par action de transposons et la rétroduplication. Pour chacun de ces mécanismes, la région dupliquée résultante a des caractéristiques différentes. Par exemple, la région promotrice n'est pas toujours dupliquée avec le gène. Ainsi, ces différences peuvent affecter le taux de rétention et l'évolution du gène dupliqué. Dans cette étude, nous tentons d'explorer l'impact de ce mécanisme de duplication sur l'évolution du gène dupliqué en mettant l'emphase sur la divergence de séquences et l'environnement en éléments transposables. Pour sujet biologique, nous avons choisir la famille des \textit{Rosaceae}. Un clade phylogénétique intéressant contenant beaucoup d'espèces largement utilisées horticulture, pour lesquelles des génomes récents et de haute qualité non pas encore été exploité pour une étude sur les gènes dupliqués. Nous avons développé un pipeline qui combine différents outils pour i) détecter les gènes dupliqués, ii) inféré le mécanisme de duplication, iii) analysé l'évolution des séquences et l'environnement en éléments transposables. Les gènes dupliqués sont détectés grâce à OrthoFinder qui utilise la similarité de séquences comme indicateur de l'homologie. Le mécanisme de duplication est inféré avec i-ADHoRe. Enfin, PAML et une méthode particulière sont utilisés pour analyser la divergence de séquences et d'environnement en éléments transposables. Nous démontrons que ce pipeline réussi à détecter les paralogues en utilisant une approche multi-espèce et basé sur des orthogroupes, tout en utilisant le contexte génomique pour inférer le mécanisme de duplication. Enfin, nous montrons qu'effectivement, les mécanismes de duplication influe la divergence de séquence et l'environnement en éléments transposable. Cependant, les différences observées sont très variables en fonction des espèces, suggérant que le mécanisme de duplication n'est probablement pas le facteur le plus important.

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