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Séparés par des virgules

Visioconférence | Soutenance de thèse de Madame Enora DUPAS

13h30 | Faculté des Sciences | 2, boulevard Lavoisier | ANGERS

Sujet : Émergence de Xylella fastidiosa en France : diversité des souches et routes d’introduction

Directeur de thèse : Madame Marie-Agnès JACQUES

RÉSUMÉ

Xylella fastidiosa subsp. multiplex est une bactérie phytopathogène inféodée aux vaisseaux du xylème de ses plantes-hôtes. Transmise par l’intermédiaire d’insectes vecteurs, sa gamme d’hôtes comprend plus de 595 espèces végétales. Elle a été détectée pour la première fois en France, en 2015, puis dans de nombreuses localités sur le littoral méditerranéen et en Corse. L’objectif de cette thèse était d’améliorer les outils de détection et d’analyser la diversité génétique en fonction de la dispersion spatio-temporelle pour proposer des scénario d’introduction et de dispersion de cet agent pathogène en France. Pour cela, le principal test utilisé pour la détection de X. fastidiosa reposant sur la technologie de PCR en temps réel a été transféré vers la digital droplet PCR afin d’améliorer le seuil de détection. Pour gagner en rapidité et en coût d’analyse tout en conservant la même sensibilité, un test tetraplex de PCR en temps réel a été développé pour détecter X. fastidiosa et identifier la sous-espèce en une seule étape et directement sur l’ADN extrait des échantillons végétaux. Enfin, pour améliorer la sensibilité du typage des souches, le schéma de typage multiloci couramment utilisé a été proposé en nouvelle version reposant sur le recours aux PCR nichées. Le séquençage des génomes des 52 souches françaises a été réalisé et a permis de calculer le taux de mutation des souches de cette sous-espèce et de dater la divergence des souches installées en France de leurs plus proches voisines phylogénétiques, à savoir les souches américaines. Un nouveau schéma de typage de microsatellites a été développé et a permis de caractériser la diversité des infections françaises directement à partir des échantillons végétaux. L’ensemble des résultats du typage de 396 échantillons français et leur analyse par une méthode bayésienne a permis de proposer un scénario d’introduction puis de dissémination sur ces deux régions très similaires pour chacun des deux grands groupes de souches installées en France, les souches ST6 et ST7.

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