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Soutenance de thèse | Samir REZKI - Université Angers

Soutenance de thèse | Samir REZKI

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Soutenance de thèse de Monsieur Samir REZKI

13h30 | Faculté des Sciences | AMPHI L003 | 2, boulevard Lavoisier | ANGERS

Le 19 octobre 2017

Sujet : Structuration et dynamique des communautés microbiennes associées aux graines lors de la transmission d'agents phytopathogènes 

Directeur de thèse : Madame Marie-Agnès JACQUES

RÉSUMÉ

La graine constitue le point de départ du cycle d’une plante et abrite une diversité de micro-organismes qui peuvent impacter négativement ou positivement la fitness de la plante. De plus, la graine permet la dispersion et la survie des agents phytopathogènes entre deux cycles de culture de la plante hôte. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail était de : (i) décrypter les processus écologiques impliqués dans l’acquisition du microbiote des graines, (ii) analyser sa réponse à l’invasion par des agents phytopathogènes et (iii) suivre sa dynamique durant la germination de la graine et l’émergence de la plantule. Premièrement, nous avons analysé la structure du microbiote de graines de radis (Raphanus sativus) produites dans un même site sur trois générations successives. Ces analyses ont révélé une faible héritabilité du microbiote des graines avec peu de taxons dominants transmis d’une génération à l’autre. Ceci pourrait être expliqué par l’importance des processus neutres dans l’assemblage du microbiote des graines. Ensuite, nous avons étudié la réponse de ce microbiote à une invasion par Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) et Alternaria brassicicola (Ab), deux agents phytopathogènes transmis par les graines. La transmission de Xcc aux graines n’impacte pas la composition globale du microbiote. En revanche, la transmission d’Ab modifie la structure des communautés fongiques. Ces différences de réponse sont probablement dues aux compétitions pour l’espace et les nutriments entre l’agent phytopathogène et les autres membres du microbiote. Finalement, la composition et la structure du microbiote des graines germées et des plantules ont révélé une transmission de la majorité des taxons associés à la graine y compris Xcc et Ab. Globalement, les résultats de ce travail de thèse permettront à terme d’élaborer des stratégies de bio-contrôle basées sur la modulation du microbiote des graines.